COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 12.560230 12.560230 13.837378
2021-02-14 17:00:00 13.587370 13.587370 13.947476
2021-02-13 17:00:00 14.393295 14.393295 14.001404
2021-02-12 17:00:00 14.944875 14.944875 14.070773
2021-02-11 17:00:00 14.761464 14.761464 14.132944
2021-02-10 17:00:00 13.137694 13.137694 14.176447
2021-02-09 17:00:00 12.851202 12.851202 14.160574

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 3.670041 10.046178 8.639822
2021-02-14 17:00:00 6.230704 6.230704 8.705499
2021-02-13 17:00:00 11.616739 11.616739 8.893797
2021-02-12 17:00:00 9.454449 9.454449 8.905170
2021-02-11 17:00:00 8.051290 8.051290 9.179137
2021-02-10 17:00:00 5.033665 8.315678 9.460098
2021-02-09 17:00:00 6.615427 6.615427 9.536311

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 12.946429 17.540323 17.077991
2021-02-14 17:00:00 14.829659 14.829659 17.074728
2021-02-13 17:00:00 13.815789 13.815789 16.736162
2021-02-12 17:00:00 17.441860 17.441860 16.457730
2021-02-11 17:00:00 20.689655 20.689655 16.044392
2021-02-10 17:00:00 21.510297 21.510297 15.921249
2021-02-09 17:00:00 17.966102 17.966102 15.526071

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 9.384164 5.442177 7.237825
2021-02-14 17:00:00 7.420147 7.420147 7.087272
2021-02-13 17:00:00 9.697218 9.697218 7.131941
2021-02-12 17:00:00 4.976201 4.976201 7.288859
2021-02-11 17:00:00 7.568807 7.568807 7.348947
2021-02-10 17:00:00 8.942750 8.942750 7.358578
2021-02-09 17:00:00 7.727086 7.727086 7.358046

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 14.721122 24.672356 14.872539
2021-02-14 17:00:00 11.449182 11.449182 15.234400
2021-02-13 17:00:00 13.677550 13.677550 15.237730
2021-02-12 17:00:00 14.562761 14.562761 15.287052
2021-02-11 17:00:00 13.869330 13.869330 15.308029
2021-02-10 17:00:00 12.450503 12.450503 15.306733
2021-02-09 17:00:00 16.712580 16.712580 15.264875

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 42.279635 42.279635 28.496577
2021-02-14 17:00:00 28.347975 28.347975 28.315038
2021-02-13 17:00:00 29.795755 29.795755 27.958997
2021-02-12 17:00:00 29.986352 26.593878 27.683367
2021-02-11 17:00:00 24.944362 24.944362 27.223589
2021-02-10 17:00:00 16.902944 24.445656 26.896475
2021-02-09 17:00:00 24.690422 26.423690 26.590745

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 9.638554 12.660799 13.285146
2021-02-14 17:00:00 11.446741 11.446741 13.411975
2021-02-13 17:00:00 13.901869 13.901869 13.689664
2021-02-12 17:00:00 13.835878 13.835878 13.893828
2021-02-11 17:00:00 16.178797 16.178797 14.188368
2021-02-10 17:00:00 12.065508 12.065508 14.614543
2021-02-09 17:00:00 11.605996 11.605996 14.951136

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 9.615385 4.380530 5.501490
2021-02-14 17:00:00 5.309793 5.309793 5.541944
2021-02-13 17:00:00 6.149919 6.149919 5.515737
2021-02-12 17:00:00 6.236042 6.236042 5.496107
2021-02-11 17:00:00 6.682088 6.682088 5.527857
2021-02-10 17:00:00 5.732306 5.732306 5.561865
2021-02-09 17:00:00 4.338028 4.338028 5.577531

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 13.739377 8.098518 12.288655
2021-02-14 17:00:00 15.792507 15.792507 12.878203
2021-02-13 17:00:00 12.101654 12.101654 13.164521
2021-02-12 17:00:00 12.590064 12.590064 13.335978
2021-02-11 17:00:00 12.709163 12.709163 13.554875
2021-02-10 17:00:00 14.124951 14.124951 13.780102
2021-02-09 17:00:00 11.115917 11.115917 13.979024

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 18.518519 18.518519 21.047553
2021-02-14 17:00:00 20.438181 20.438181 20.865592
2021-02-13 17:00:00 22.690583 22.690583 20.894948
2021-02-12 17:00:00 21.853101 21.853101 20.539533
2021-02-11 17:00:00 20.496842 20.496842 20.397858
2021-02-10 17:00:00 20.649989 20.649989 20.168566
2021-02-09 17:00:00 23.013737 23.013737 19.627186

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 21.297837 3.811793 11.329003
2021-02-14 17:00:00 14.460285 14.460285 11.568129
2021-02-13 17:00:00 10.427394 10.427394 11.752256
2021-02-12 17:00:00 15.084944 15.084944 11.931655
2021-02-11 17:00:00 11.707533 15.966260 12.146847
2021-02-10 17:00:00 12.108139 12.108139 12.309811
2021-02-09 17:00:00 8.176863 8.176863 12.244497

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 12.023460 12.023460 10.215107
2021-02-14 17:00:00 8.811959 8.811959 10.456907
2021-02-13 17:00:00 8.295455 8.295455 10.545752
2021-02-12 17:00:00 10.764588 10.764588 10.716961
2021-02-11 17:00:00 11.755486 11.755486 10.921726
2021-02-10 17:00:00 14.486922 8.048290 11.014559
2021-02-09 17:00:00 5.343511 20.101781 11.112278

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 52.475248 154.826733 97.686392
2021-02-14 17:00:00 62.302839 62.302839 95.325338
2021-02-13 17:00:00 97.603834 97.603834 95.313146
2021-02-12 17:00:00 86.720867 86.720867 94.002786
2021-02-11 17:00:00 95.371669 95.371669 93.872486
2021-02-10 17:00:00 115.519766 115.519766 93.258770
2021-02-09 17:00:00 228.164557 103.295129 92.898240

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 16.560510 16.560510 NaN
2021-02-14 17:00:00 67.338710 67.338710 NaN
2021-02-13 17:00:00 66.935484 66.935484 NaN
2021-02-12 17:00:00 83.269962 83.269962 NaN
2021-02-11 17:00:00 65.544041 65.544041 NaN
2021-02-10 17:00:00 89.970501 89.970501 NaN
2021-02-09 17:00:00 58.781362 58.781362 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 15.363031 7.991242 11.691121
2021-02-14 17:00:00 13.725000 13.725000 11.931281
2021-02-13 17:00:00 13.358302 13.358302 12.126002
2021-02-12 17:00:00 16.227824 16.227824 12.322830
2021-02-11 17:00:00 18.819247 10.968661 12.616531
2021-02-10 17:00:00 10.764280 10.764280 12.797036
2021-02-09 17:00:00 10.255136 10.255136 12.978063

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 17.903477 17.903477 27.916251
2021-02-14 17:00:00 56.264412 56.264412 28.355197
2021-02-13 17:00:00 26.884780 26.884780 28.011876
2021-02-12 17:00:00 26.106987 26.106987 27.935883
2021-02-11 17:00:00 37.760968 37.760968 27.820441
2021-02-10 17:00:00 23.973839 23.973839 27.570462
2021-02-09 17:00:00 15.752949 15.752949 26.784691

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 4.096562 4.096562 4.691758
2021-02-14 17:00:00 5.303514 5.303514 4.973388
2021-02-13 17:00:00 3.717949 3.717949 5.084077
2021-02-12 17:00:00 4.097975 4.097975 5.285960
2021-02-11 17:00:00 4.392129 4.392129 5.604633
2021-02-10 17:00:00 6.399046 6.399046 5.703127
2021-02-09 17:00:00 5.636743 5.636743 5.700595

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 8.266932 8.266932 11.241992
2021-02-14 17:00:00 13.030468 13.030468 11.420169
2021-02-13 17:00:00 10.659600 10.659600 11.638105
2021-02-12 17:00:00 8.630691 8.630691 11.716700
2021-02-11 17:00:00 12.947189 12.947189 11.892571
2021-02-10 17:00:00 12.714965 12.714965 12.109525
2021-02-09 17:00:00 13.726937 13.726937 12.421133

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 9.607183 4.532458 7.262447
2021-02-14 17:00:00 7.702932 7.702932 7.474000
2021-02-13 17:00:00 7.580117 7.580117 7.656236
2021-02-12 17:00:00 7.606194 7.606194 7.848215
2021-02-11 17:00:00 8.993964 7.097586 8.057806
2021-02-10 17:00:00 7.082542 7.082542 8.131382
2021-02-09 17:00:00 6.291667 9.541667 8.203851

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 64.497041 25.008818 25.429224
2021-02-14 17:00:00 25.325239 25.325239 25.452824
2021-02-13 17:00:00 25.840179 25.840179 25.336562
2021-02-12 17:00:00 33.021390 33.021390 25.438333
2021-02-11 17:00:00 23.018389 23.018389 25.415923
2021-02-10 17:00:00 25.105868 25.105868 25.590342
2021-02-09 17:00:00 21.626298 26.464361 25.397850

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 37.500000 10.055866 9.539053
2021-02-14 17:00:00 4.629630 4.629630 9.741676
2021-02-13 17:00:00 9.473684 9.473684 10.039913
2021-02-12 17:00:00 10.227273 10.227273 10.176515
2021-02-11 17:00:00 10.465116 10.465116 10.469923
2021-02-10 17:00:00 7.526882 7.526882 10.764071
2021-02-09 17:00:00 15.384615 15.384615 10.540353

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-15 17:00:00 17.007763 25.971599 24.823730
2021-02-14 17:00:00 22.489083 22.489083 24.649792
2021-02-13 17:00:00 26.039305 26.039305 24.854594
2021-02-12 17:00:00 27.906977 27.906977 24.825465
2021-02-11 17:00:00 23.266513 23.266513 24.990094
2021-02-10 17:00:00 26.436782 26.436782 24.869110
2021-02-09 17:00:00 25.905395 25.905395 24.915391

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.670041 10.046178 8.639822
Basilicata 12.946429 17.540323 17.077991
Calabria 9.384164 5.442177 7.237825
Campania 14.721122 24.672356 14.872539
Emilia-Romagna 42.279635 42.279635 28.496577
Friuli Venezia Giulia 9.638554 12.660799 13.285146
Lazio 9.615385 4.380530 5.501490
Liguria 13.739377 8.098518 12.288655
Lombardia 18.518519 18.518519 21.047553
Marche 21.297837 3.811793 11.329003
Molise 12.023460 12.023460 10.215107
P.A. Bolzano 52.475248 154.826733 97.686392
P.A. Trento 16.560510 16.560510 NaN
Piemonte 15.363031 7.991242 11.691121
Puglia 17.903477 17.903477 27.916251
Sardegna 4.096562 4.096562 4.691758
Sicilia 8.266932 8.266932 11.241992
Toscana 9.607183 4.532458 7.262447
Umbria 64.497041 25.008818 25.429224
Valle d'Aosta 37.500000 10.055866 9.539053
Veneto 17.007763 25.971599 24.823730

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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